Томоя Окадзаки, ученик выпускного класса, разочаровался в жизни. После трагической гибели матери, отец его спился, а сам он обрел славу хулигана. Вместо подготовки к выпускным экзаменам, Томоя слоняется по школе, пропуская уроки и делая, что придет в голову. Но все меняется, когда весной он встречает вернувшуюся в школу Нагису Фурукаву – милую и странную девушку, которая обожает булочки, разговоры с самой собой, а еще мечтает возродить театральный кружок. Помогая Нагисе, Томоя понимает, что...
Однажды корабли-призраки, обладающие супер-оружием и названые позже «Туманным флотом», появились по всему миру. Человечество не нашло, что противопоставить этому флоту, и было вытеснено с моря… Семнадцать лет спустя Чихайя Гунзо и команда корабля I-401 (а также персонифицированное воплощение I-401, Иона), по какой-то причине объявили войну «Туманному флоту»…
