Гражданская война имела свои особенности на разных территориях бывшей Российской империи. Весьма специфические формы она приняла на территории бывшего Туркестанского генерал-губернаторства, что было вызвано как природными особенностями местности, так и специфическим составом противников. Именно в этой войне окончательно погибло 400-летнее Бухарское ханство, основанное Мухаммедом Шейбани.
