Отец Патрика оказался на грани разорения. Обременённый долгами, он уступил своей сестре и её мужу, Джеймсу Гордону оф Гринмайр, главную ферму Охлухриса с мельницей за две с половиной тысячи шотландских марок с правом выкупа. Сделка проходила в присутствии Патрика, и его имя впервые появилось в официальном документе.

Ярая приверженность Гордонов католицизму и династии Стюартов не позволяла юноше надеяться на военную карьеру у себя на родине. Его не приняли бы ни в один королевский полк или на военный корабль рядовым. Другой же науки, кроме владения оружием, к шестнадцати годам юный дворянин просто не познал.

Более того, по законам того времени он, как младший сын, не мог рассчитывать и на отцовское имение в случае его возврата изгнанникам. Гордон-старший, бравшийся за любую работу, чтобы прокормить домочадцев, не стал удерживать подле себя младшего сына, заботясь больше о старшем Джордже, законном наследнике.

Патрику Гордону пришлось самому выбирать себе жизненный путь, и он сумел его найти вдали от Шотландии. Он решил уехать в какую-нибудь иноземную страну, не заботясь, в какую именно, ибо не имел ни единого друга ни в одной чужой стране. О том Патрик сказал своему отцу:

   — Отец! Я младший сын младшего брата из младшей ветви рода Гордонов. Поэтому у меня нет надежд на обеспеченное будущее на родине, в нашей Шотландии. Я хочу покинуть её, как это делают многие другие знакомые нам люди.

   — Хорошо, сын мой. Ты прав — я не могу выделить тебе наследства, как твоему старшему брату. Таковы законы страны, в которой мы с тобой живём. Куда же хочешь направиться?

   — Пока ещё я не выбрал той страны, в которой мог бы найти для себя хорошую службу. Поеду в Эбердин и сяду там на любой корабль, уходящий оттуда в Европу.

   — Хорошо, сын мой. Я пошлю за матерью, чтоб она могла попрощаться с тобой...

3 июня 1651 года Патрик, после грустного расставания с родителями, братьями и сестрой, друзьями детства, отправился в Эбердин в сопровождении отца и дяди. Мать благословила сына, а отец с дядей снабдили уходящего из дома юношу добротной одеждой, деньгами и всем самым необходимым в дорогу.

Корабль, на котором юный Гордон покинул берега Шотландии, был торговым судном из города Данцига и имел на борту восемнадцать пушек. Командовал им Якоб Бартман, который тепло отнёсся к молодому человеку.

Патрик Гордон сошёл на берег континента у форта Мюнде, от которого пешком добрался до Данцига. Там ему повезло — на улице Святого Духа он встретил земляка-шотландца, который первые дни приютил его. После этого начались непродолжительные скитания по землям Северной Германии.

Так в семнадцать лет юный дворянин стал эмигрантом и оказался в немецких землях. Сначала он поступил в Браунсбергскую иезуитскую коллегию, где пробыл около двух лет. Но затворническая и обеспеченная жизнь в коллегии иезуитов оказалась ему не по душе, и он убежал оттуда, имея семь монет — рейхсталеров в кармане и мешок с книгами в руках. Немецкого языка он ещё совсем не знал, поскольку в иезуитской школе говорили только по-латыни.

Молодого шотландского дворянина-эмигранта влекла военная карьера в роли наёмника.

Когда Патрика Гордона много лет спустя спросят, что заставило его сбежать из коллегии иезуитов, он откровенно скажет:

   — Я не мог вынести столь замкнутого и строгого образа жизни. К тому же отец мой не зря учил владеть палашом и стрелять из мушкета...

Однако устроиться на военную службу наёмником ему удалось далеко не сразу. Требовались и протекции, то есть знакомства, и к тому же в тот бранный век желающих зарабатывать себе на жизнь профессией ландскнехта оказалось немало. Сказывалось дворянское воспитание Патрика. Он скажет потом, почему его влекла эта профессия:

   — Прислуживать или работать я всегда считал унижением, а просить подаяния — ещё того хуже.

В первое время ему пришлось пережить и уныние, и печаль. Он снова оказался в портовом городе Данциге с мыслью вернуться домой, в Шотландию. Но Патрику опять повезло — он вновь встретил доброжелательство со стороны случайных земляков-купцов. Они дали ему кров и помогли устроиться пассажиром на торговое судно, уходившее в Швец.