Правда, Соломонии так и не удалось родить ребенка, и в 1525 году она была пострижена в монахини. Это остановило возвышение всего рода. Отец Бориса, Федор Иванович Кривой, вообще не состоял на государственной службе, а его брат Дмитрий был вынужден войти в состав двора младшего брата Ивана Грозного Юрия. Только после смерти удельного князя Д. И. Годунов был принят на царскую службу и в 1567 году получил должность постельничего. Она была не такой уж значимой, но позволяла очень часто находиться «при светлых царских очах» и быть одним из наиболее доверенных лиц государя.
Возможно, именно в это время дядькой царевича Федора становится Григорий Васильевич Годунов. Общими усилиями удается сосватать за Федора сестру Бориса Ирину. Итак, приблизительно в 1577 году Годуновы входят в число родственников царя. Дмитрий Иванович получает чин боярина, Борис становится сначала кравчим, а потом и боярином.
Следует отметить, что до этого с царской семьей пытались породниться Сабуровы. В 1571 году женой царевича Ивана стала Евдокия Богдановна Сабурова, но из-за отсутствия детей в 1575 году она была пострижена в монахини.
Возвысившись, Годуновы поручили монахам Ипатьевского монастыря в Костроме сочинить для них более престижную родословную. Так возникла легенда о татарском князе Чете, который якобы и был родоначальником Зерновых. Получалось, что Чет должен был выехать на службу к русским князьям в самом начале XIV или даже в конце XIII века, когда Золотая Орда пребывала в расцвете, а российские княжества — в упадке. Служить их правителям для татарина не имело никакого смысла. Но Годуновых это обстоятельство, видимо, не смутило, и легенда о Чете вошла в официальный родословец.
После воцарения Федора Ивановича в 1584 году Борис Федорович получил чин конюшего, который считался старшим среди бояр. Правда, в Боярской думе он занимал место ниже князей Мстиславских, Шуйских и дяди Дмитрия Ивановича. Бывший дядька Федора, Григорий Васильевич, стал боярином и дворецким. Боярство получили Степан Васильевич и Иван Васильевич.
Новое царское окружение тут же занялось ревизией казны и проверкой деятельности всех приказов. Однако когда из Казани пришли вести о восстании там поволжских народов, усмирять их был отправлен отряд под началом князя Д. П. Елецкого. Ему сопутствовали князь И. М. Барятинский, Р. П. Пивов, Н. П. Чепчугов и другие. Бориса Годунова среди них не было. Воеводам удалось схватить бунтовщиков, заставить их дать клятву верности царю Федору Ивановичу и для закрепления успеха с помощью местных жителей построить ряд крепостей: Уржум, Цивильск, Кокшайск и другие.
Все это свидетельствует о том, что патриарх Иов в речи на Земском соборе приписал Годунову такие заслуги, которых за ним не числилось. Особенно это относится к покорению Казани.
Не столь значительными были его успехи и во время русско-шведской войны 1590–1595 годов. Он принимал участие только в Ругодивском походе самого царя, находясь в составе Дворового полка. Его обязанности заключались в охране государя, и непосредственно в боевых действиях он, конечно же, участия принимать не мог.
При взятии Иван-города, Яма, Копорья и других городов, захваченных ранее Швецией, отличились Ф. И. Мстиславский, И. В. Годунов, Ф. М. Трубецкой, Б. Ю. Сабуров, Т. Р. Трубецкой, Д. И. Хворостинин и другие воеводы главных полков. Но многие из участников Земского собора вряд ли об этом знали.
Определенные заслуги были у Годунова лишь при отражении нападения на Москву в 1591 году крымского хана Казы-Гирея, хотя руководил обороной сам царь Федор Иванович, ведущим военачальником был Ф. И. Мстиславский, а Борис значился только его помощником — вторым воеводой Большого полка. Благодаря умелой стратегии царя крымцы даже не решились начать атаку и ушли в степи.
Многие представители знати, конечно, знали о том, что патриарх приукрасил боевые заслуги претендента на трон, но опровергать его утверждения никто не стал. Вопрос об избрании Бориса Федоровича на престол был, видимо, обговорен и решен заранее.
