Январской ночью 1307 года наемники Филиппа Красивого арестовали всех членов Ордена тамплиеров, которых удалось захватить врасплох. На следующий день Ватикан приказал всем подчинявшимся ему епископам, аббатам, королям и князьям, чтобы они секвестрировали имущество тамплиеров и без колебаний арестовали всех рыцарей, находящихся в их владениях.
Папа Климент официально распустил Орден тамплиеров и отлучил от Церкви всех магистров и рядовых рыцарей, отдав их привилегии госпитальерам Святого Иоанна, которые в то время представляли собой своего рода личную армию понтифика. Исполняя этот декрет, Верховный Суд Инквизиции подверг преследованию, заключил в тюрьму и вынес приговор множеству тамплиеров, обвинив их в «ереси, клятвопреступлении, содомии и сатанизме». Многие из них под пыткой признались в самых абсурдных преступлениях или умерли во время мучений. Другие провели в застенках остаток жизни или были проданы в рабство, в то время как Ватикан, Франция и другие королевства и епархии присваивали замки, феоды и прочее имущество ордена. Но сколько паписты ни рыскали по всем уголкам Европы, они не могли обнаружить баснословное состояние, которым, по слухам, владели тамплиеры. Последний Великий магистр Жак де Моле скрывался в течение четырех лет, но затем был схвачен Инквизицией, подвергнут зверским пыткам и, наконец, сожжен на костре. С точки зрения его жестоких противников и простого народа, его смерть обозначала окончательное уничтожение Ордена тамплиеров.
Тем не менее не все тамплиеры были схвачены врагами и попали в лапы Инквизиции. Во Франции многие из них нашли защиту у союза каменщиков (maçons), с которым они укрепили связи во время строительства соборов, в Испании они вступили в другие военные или религиозные ордены, а в Германии присоединились к ганзейским рыцарям-тевтонам. Но удивительнее всего было исчезновение из Лa-Рошели громадного флота тамплиеров, который испарился из порта в ту самую ночь, когда Филипп Красивый начал бесчестную облаву на рыцарей-тамплиеров.
Число и тип кораблей, которые составляли флот тамплиеров, доподлинно неизвестны, но все источники называют его «большим» и «могущественным». Также отсутствуют сведения, которые объясняли бы, как эти корабли могли так внезапно исчезнуть в самый подходящий момент. Наиболее приемлемая версия заключается в том, что руководители ордена были предупреждены об опасности своими шпионами при французском дворе или в Ватикане, и располагали несколькими часами или, возможно, парой дней, чтобы избежать опасности. Это объяснило бы, почему корабли были полностью подготовлены к отплытию и на них поднялись готовые к бегству тамплиеры. Согласно некоторым источникам, сам де Моле также взошел той ночью на корабль и был арестован четыре года спустя, когда возвращался для исполнения тайной миссии.
Различные авторы утверждают, что большой флот был разделен не менее чем на две флотилии, которые, покинув порт, поплыли в разных направлениях, чтобы сбить с толку своих преследователей. Часть кораблей направилась в Португалию, другая часть — в Шотландию, и, возможно, третья эскадра вошла в Средиземное море, чтобы укрыться на Сицилии.
Португалия была идеальным местом, где корабли тамплиеров могли, быстро покинув открытое море, укрыться от наблюдения папских кораблей, поскольку находилась относительно недалеко от Ла-Рошели. Кроме того, королевская династия Португалии, в отличие от Франции и Испании, традиционно поддерживала хорошие отношения с орденом. Под покровительством короля Альфонса IV тамплиеры основали альтернативное братство, носившие имя Ордена Рыцарей Христа, первым Великим магистром которого был сам монарх. Впоследствии Великим магистром ушедшего в подполье Ордена Храма будет принц Энрике Мореплаватель.
Известно, что принц Энрике принимал самое активное участие в первых плаваниях к берегам и западным островам Африканского континента и в географических открытиях таких португальских мореходов, таких как Васку да Гама и Педру Алвареш Кабрал. Официальной целью этих экспедиций был поиск морского пути в Индию, поскольку сухопутные караваны подвергались постоянным нападениям со стороны мусульман. Однако очень вероятно, что Энрике, как Великий магистр подпольных тамплиеров, видел древние финикийские и арабские карты, на которых был обозначен огромный неизведанный континент, расположенный к западу от Азорских островов. Возможно, он желал проверить в деле свои корабли и предоставить их капитанам возможность набраться опыта в дальних переходах вдоль берегов Африки, прежде чем отправить межокеанскую экспедицию на поиски потерянного материка. Как мы увидим ниже, мысль о подобном плавании пришла Колумбу после контакта с тамплиерами в Португалии и на Азорах.
Другие корабли из флота тамплиеров отправились в берегам Великобритании, стремясь достичь безопасных портов в Ирландии. Там они вступили в контакт с лидером движения за независимость Шотландии Робертом Брюсом, который вел войну против англичан и их сторонников. Брюс уже контролировал значительную часть территории Шотландии, и на ней не действовали ни папские буллы, ни власть Ватикана, поскольку сам Брюс был отлучен от Церкви за мятеж. Он великодушно принял тамплиеров, которые в свою очередь оказали ему поддержку в его кампании против Англии и ее местных союзников.
Хроники сообщают, что 24 июня 1314 года Брюс с шеститысячной армией противостоял двадцати тысячам английских солдат в решающем сражении при Баннокберне. Отваги и мужества восставших не хватало для того, чтобы восполнить численное превосходство противников, и чаша весов склонялась на сторону англичан. В этот момент позади арьергарда шотландцев появился взвод всадников, вступивших в бой под своими собственными знаменами. Когда англичане узнали эмблемы тамплиеров и увидели алый восьмиконечный крест на груди рыцарей, они обратились в беспорядочное бегство, уступив победу Роберту Брюсу.
