Состояние дел в Нидерландах беспокоило короля Филиппа. Финансовое положение было подорвано, Генеральные штаты отказались ассигновать новые деньги, если не будут выполнены условия, которые король посчитал оскорбительными. В Брабанте оппозиция резче всех высказывалась по поводу привилегий, и Филипп знал, что высшее дворянство, и прежде всего принц, спровоцировали антииспанские настроения.
Положение усугубил новый конфликт. До сих пор Нидерланды были настроены против «иностранцев», испанских войск в стране, тяжелого финансового бремени. Теперь осложнения вызвала религиозная политика короля. Нидерланды получили новую церковную организацию, так как Филипп хотел назначить 15 новых епископов.
Епископ Гранвелла, верный министр короля, должен был стать Мехельнским архиепископом с двумя архиепископами в качестве помощников, а также примасом Нидерландов. Благодаря этому Нидерланды становились независимой церковной провинцией без связей с Кельном и Реймсом, которым прежде подчинялись. При каждом епископе должны были находиться два представителя Инквизиции для надзора за католическим вероисповеданием населения. В Государственном совете намеревались дальше проводить в жизнь планы короля.
Эти нововведения содействовали бы процветанию католической церкви и духовенства, но для народа олицетворяли ужасы испанской Инквизиции. План создания новых епископатов повсюду вызвал сопротивление, и многие города отказались принять вновь назначенных епископов (среди них Антверпен и Босх… в Брабанте!). Гранвелла выработал план, по которому новые епископы могли быть также аббатами или прелатами, и доходы аббатства тогда переходили бы к новому епископу.
Оппозиция активизировалась: прелаты хотели остаться на своих местах и сохранить доходы аббатств. Пришли в движение также и генеральные штаты. Прелаты как члены духовного сословия в штатах поддержали оппозицию в нидерландском национальном, антииспанском духе. Были опасения, что теперь епископы, креатуры короля, займут все места в штатах и ослабят оппозицию. По этому пункту интересы дворянства совпали с интересами сословий и духовенства. Раньше сан епископа получали выходцы из знатных дворянских семей, теперь эта привилегия у дворянства была отнята! Противостояние городов, духовенства и штатов поддержала высшая аристократия, и в первую очередь граф Эгмонт и принц Оранский. На землях принца находилось много владений норбертинских аббатств. Он всегда поддерживал добрые отношения с прелатами, и они часто гостили в замке Бреда. Их отсутствие на заседаниях штатов сильно ослабило позицию принца, а вместе с ним и высшего дворянства. Из-за сопротивления прелатов, а также благодаря вмешательству Рима, план Гранвеллы был отложен на многие годы. Отношения Оранского и Гранвеллы сильно осложнились тем, что последний (кардинал с 1561 г.) в непокорности духовенства и сословий не без оснований увидел влияние Оранского.
Оранский и Эгмонт не были привлечены к обсуждению реорганизации в Государственном совете, но внешне все выглядело так, будто они несли за нее ответственность. То же самое произошло при рассмотрении весьма щекотливого вопроса о выводе из Нидерландов испанских войск. Принц упорно возражал против подобной практики: в июле 1561 г. они с Эгмонтом отправили королю резкое письмо, в котором требовали обсуждения всех дел на пленарном заседании совета. Ответа не последовало, и оппозиция усилилась. Друг Оранского Филипп де Монморанси, граф Горн, теперь уже в Государственном совете стал на сторону Оранского и Эгмонта, и они втроем противостояли планам короля об использовании специального отряда кавалерии в войне против французских гугенотов. После этого от Гранвеллы и правительницы — с 1559 г. Маргариты Пармской — поступила жалоба Филиппу: Оранский и его друзья вызывают беспорядки в стране.
Вильгельм и его коллеги в Государственном совете вынесли дело об аббатствах и кавалерийском отряде на собрание рыцарей ордена Золотого Руна, в результате чего королю Франции было отказано в любой помощи в его борьбе против гугенотов на том основании, что это вызовет неодобрение и раздражение германских князей. В событиях видна рука Оранского: благодаря его браку с Анной Саксонской, дочерью покойного курфюрста Морица, в августе 1561 г. усилилось влияние гессенских и саксонских родственников.
Из собрания рыцарей Золотого Руна в мае 1562 г. образовалась лига дворян, которая под предводительством принца выступала против Гранвеллы и абсолютистской политики короля. От ее имени Оранский потребовал на Государственном совете созыва Генеральных штатов. В этом оппозиционном движении, в основном направленном против всемогущего Гранвеллы, Оранский являлся руководящей фигурой и в качестве таковой был признан как друзьями, так и врагами.
Правительница и Гранвелла опасались, что Оранский и его друзья будут противостоять правительству и королю, применяя насильственные методы. Недовольство короля выразилось в том, что он не послал принца в качестве своего уполномоченного на рейхстаге во Франкфурте, который собрался по поводу избрания Максимилиана II. После этого Вильгельм совершил вызывающий поступок — отправился туда по собственной инициативе и оставался там до декабря, вел переговоры с германскими делегациями об участии рейхстага в борьбе против религиозных преследований.
