Время, в которое жил Пугачев, было богато войнами. Славу русскому оружию добывали солдаты Суворова и Румянцева, моряки Ушакова и Спиридова… Шесть лет спустя после войны с Пруссией начинается война с Турцией. Пугачева зачисляют в команду полковника Ефима Кутейникова. Два года он служил в действующей армии, в составе войск П.И. Панина — будущего душителя Пугачевского восстания. Опять Емельян участвует в сражениях, в том числе под Бендерами, снова проявляет «отличную проворность» и храбрость. Пугачев получает за воинские заслуги чин хорунжего — младший офицерский чин у казаков.
Боевой казак, ставший офицером, вероятно, выделялся среди однополчан не только храбростью на поле боя. Чувствуется, что и в кругу товарищей он стремился быть не на последнем месте, «произвесть себя, — по его словам, — отличным от других». Ему свойственно несомненное честолюбие; будучи по натуре живым и сметливым, он стремился обратить на себя внимание окружающих — ему «отличным быть всегда хотелось». Характерен в этом смысле один эпизод. У него была, очевидно, хорошая сабля. Он не раз, вероятно, показывал ее товарищам по службе. А однажды Емельян стал уверять их, что оружие подарено ему не кем иным, как Петром Первым, который-де был его крестным дедом, хотя тот умер более чем за полтора десятилетия до его появления на свет.
Так текла служба. Случалось всякое — хорошее и плохое. После взятия Бендер полк Кутейникова отвели на зимние квартиры в село Голую Каменку близ Елизаветграда (ныне Кировоград). Здесь храброго хорунжего, которого не брали ни пуля, ни сабля, одолела хворь — «гнили у него грудь и ноги». Емельян, вероятно, простудился; он сильно страдал физически и потому вскоре снова оказался на Дону. Дело в том, что Кутейников послал по приказу командования сотню казаков домой для «исправления лошадьми» — для пополнения полка конским составом, поредевшим в военных походах. В нее включили и больного Пугачева.
В родной станице он продолжал болеть и в армию не возвратился. Вместо себя нанял казака Михаила Бирюкова, дал ему для службы две лошади с седлами, зипун, бурку, саблю, 12 рублей денег, «харч всякий». Стоило все это, конечно, немалые деньги. Больного Емельяна навещают станичники. Старые казаки советуют ему ехать в Черкасск — столицу Войска Донского — проситься в отставку. Тот так и поступает.
Летом 1771 года станичный атаман Трофим Фомин вручает ему паспорт, и Пугачев отплывает на лодке вниз по Дону в Черкасск. Дома остаются жена Софья, сын Трофим и дочери Аграфена и Христина. В Черкасской войсковой канцелярии (было это 11 или 12 июля) он предъявляет свой паспорт.
— Зачем ты сюда приехал? — услышал Емельян от войскового дьяка Колпакова.
— Я, батюшка, приехал сюда за болезнью своей проситься в отставку. У меня гниют ноги и грудь.
— Тебя отставить нельзя, надобно прежде лечь здесь в лазарет и лечиться; и когда уже тебя вылечить будет нельзя, то тогда отставят.
— Нет, я в лазарет не пойду, а лучше стану лечиться на своем коште, — решил Пугачев, поклонился дьяку и вышел.
На улице Емельян повстречал неизвестного ему есаула и, вероятно, рассказал о своем деле. Тот отсоветовал:
— На что тебе отставка? Ведь коли болен, тебя на службу не пошлют. А если выздоровеешь, то отставить нельзя.
Емельян решил, что так действительно будет лучше. С тем и вернулся на квартиру, где остановился. Хозяйка казачка Скоробогатова выслушала его рассказ и тоже отсоветовала ложиться в лазарет:
— Нет, Пугачев, не ходи в лекарство, ведь оно очень трудно. Покажи-ка ты мне свои ноги.
Тот послушно снял сапоги.
— Лечись ты, — продолжала казачка, осмотрев раны, — из убитых баранов легкими; прикладывай легкое к ранам — и тебе легче будет.
Больной три дня, покупая на базаре бараньи легкие, прикладывал к ногам; вроде бы стало ему легче. На четвертый день он засобирался, но не домой в Зимовейскую, а в Таганрог — там жили сестра Федосья и ее муж Симон Никитич Павлов, тоже казак Зимовейской станицы. В начале войны с Турцией (1768—1774 гг.) его вместе с другими направили в Таганрог с Дона «на вечное житье». Казаки, и Павлов в их числе, были очень недовольны своим положением — тяжелой службой с ее «регулярством», лишениями.
Пугачев получил разрешение войскового атамана и на лошади, нанятой у той же Скоробогатовой за два пуда пшеницы и два пуда муки, приехал к сестре и зятю. Они обрадовались Емельяну, и за угощением и разговорами он услышал об их житье-бытье, жалобы на то, что казаки, поселенные в Таганроге, лишены своих старинных прав, нарушаются их обычаи.
— Здесь жить трудно, — говорил Емельяну Симон, — лесу нет, и ездят за ним недели по две. Заведены полковники и ротмистры, и совсем не так поступают с казаками, как на Дону: нас хотят обучать ныне по-гусарски и всяким регулярным военным подвигам.
— Как это? — удивился Пугачев. — Кажется, не годится, чтобы переменять устав казачьей службы. Надобно просить, чтоб оставили казаков на таком основании, как деды и отцы Войска Донского служили.
— У нас много переменено, — с грустью продолжал Павлов. — Старшин у нас уже нет, а названы вместо оных ротмистры, Когда начнут обучать нас не по обыкновению казацкому, то мы, сколько нас ни есть, намерены бежать туда, куда наши глаза глядеть будут. Многие уже бегут, да и я согласился с тремя казаками бежать.
