20 августа 1739 года вышел указ, где говорилось: «Город Оренбург строить на изысканном месте... при Красной горе... прежний Оренбург именовать Орская крепость».
Прибыв в Самару, князь Урусов сразу стал принимать меры к тому, чтобы летом 1740 года начать строительство Оренбурга. Однако этому помешало восстание в Башкирии, которое по указу из военной коллегии ему надлежало подавить, что он сделал с чрезвычайной жестокостью. В одном Сакмарском городке, где производилось следствие над частью повстанцев, было казнено 170 человек, более трехсот человек наказали кнутом и «урезыванием носов и ушей для публичного знака». Происходило это уже в последних числах сентября и для строительства города времени не оставалось.
Наконец 1 августа 1741 года город Оренбург был заложен. Однако начатые было работы вскоре приостановились из-за незатухавших споров о месте строительства — по косогору или на ровной площадке. В. А. Урусова уже не было в живых, он умер еще за 10 дней до закладки города. Только в феврале 1742 года назначили нового главного командира. До этого Оренбургскую комиссию временно возглавлял начальник башкирской комиссии генерал-лейтенант Соймонов, которому ряд обстоятельств мешал разобраться в споре.
Новый начальник комиссии И. И. Неплюев прибыл в Самару 26 апреля 1742 года и в первую очередь занялся вопросом строительства нового города. Вникая в существо спора между строителями, он рассмотрел планы карты не только у Красной горы, но и других мест. Изучив все материалы, И. И. Неплюев пришел к выводу, что город лучше было бы строить не у Красной горы, а недалеко от впадения в Яик реки Сакмары Место это расположено ближе к российским хлебным местам и находится в середине линий новопостроенных крепостей. Кроме того, здесь было больше воды и леса. Свои соображения И. И. Неплюев сообщил правительствующему Сенату.
В этом районе город можно было строить у Черноречья или к востоку от устья Сакмары, где уже имелась основанная еще Кириловым небольшая Бердская крепость, отчего все место называлось Бердск. Окончательно решение о строительстве на новом месте Неплюев принял по прибытии в Орскую крепость, собрав на совет обер-офицеров. Вскоре, 28 июля, в Петербург с планом и проектом был отправлен капитан Лука Галофеев. Так окончилось строительство Оренбурга при Красной горе, где, по-видимому, произвели только разбивку местности под застройку да сделали небольшой участок рва и вала. Направление улиц села Красногор, занимающего сейчас юго-западную часть территории непостроенного города, позволяет предположить, что при застройке частично использовалась старая разметка.
Проект был утвержден императрицей Елизаветой 15 октября 1742 года резолюцией на докладе Сената, где в резюме говорится: «При урочище Красной горы... города Оренбурга строить не надлежит, а... надлежит оный строить... при Бердской крепости». Последнюю следовало перенести на новое место.
Весной 1743 года из Самары к месту строительства выступила команда, которую возглавлял генерал-майор фон Штокман, и 19 апреля того же года Оренбург был торжественно заложен на нынешнем месте. Эту дату и следует считать днем основания нашего города.
В процессе строительства были сделаны отступления от утвержденного проекта. Сразу же крепостную ограду стали строить не на окружности, а на овале, отступив на западе от склона к пойме, очевидно, для создания большего простреливаемого пространства перед крепостью, а на востоке отошли ради симметрии. Позже и Меновой двор построили на Бухарской стороне, а не перед крепостной оградой. В первый строительный сезон сумели насыпать вал вокруг всего города, но значительно меньшего объема, чем предусматривалось по проекту, однако, как пишет П. И. Рычков, «к тогдашнему защищению весьма довольный».
И. И. Неплюев принял энергичные меры по сооружению города и крепости, которые строились одновременно. Уже в 1744 году начал функционировать гостиный двор, правда временного типа, сделанный из плетня, обмазанного глиной. На левом берегу Яика, где сейчас старица, построили Меновой двор, «каменный в столбах». Но уже в 1750 году началось строительство этих комплексов на новых местах. Гостиный двор, каменный, одноэтажный, ограничивался четырехугольником улиц, которые сейчас носят названия 9 Января, Кирова, Советская, Пушкинская. В Гостином было 150 лавок, выходящих внутрь двора. Меновой двор, тоже четырехугольный, строился на площади более 19,5 гектара, располагаясь к северу от линии современной Беляевской улицы. Из капитальных строений внутри города особо выделяются церкви — Преображенская и Введенская, и не только сами по себе, а и расположением на высоком берегу Яика. К 1751 году незастроенным остался только небольшой участок городской площади в северо-западной части, там, где теперь северная половина Матросского переулка.
Крепость имела десять бастионов и два полубастиона (на берегу). В нее вело четверо ворот — двое с западной стороны, первые их названия Яицкие и Сакмарские, на севере Самарские и на востоке Орские. Все они, кроме Орских, вскоре поменяли свои названия.
