Лелевель обычно сам себя называл мазуром, то есть жителем окрестностей Варшавы. Происходил он из немецкой семьи, которая осела в Польше в начале XVIII века и успела полностью полонизироваться. Дед ученого Генрик был придворным врачом короля Августа III. Отец Кароль на протяжении более чем двадцати лет был главным казначеем Комиссии национальной эдукации, первого в Европе министерства просвещения, учреждения заслуги которого в развитии польской культуры исключительно велики. Кароль Лелевель получил от сейма подтверждение принадлежности к шляхетскому сословию: он женился на Еве Шелютте, происходящей из полонизированной белорусской шляхты. Кароль Лелевель приобрел на Подлясье небольшое имение; состояния, впрочем, он не сколотил. Некоторые из его детей вросли позднее в землевладельческую среду, но самый старший — Иоахим — остался интеллигентом, подобно отцу и деду, и на протяжении всей жизни добывал себе хлеб насущный собственным умственным трудом.
Его детство совпало с годами упадка шляхетской Речи Посполитой. Он был восьмилетним ребенком в 1794 году, когда плебс Варшавы поднялся на борьбу против царского гарнизона и против изменников-тарговичан. До конца жизни Лелевель вспоминал о том, как он бежал к окну при возгласе: «Дети! Едет начальник!» — и взволнованно смотрел на Тадеуша Костюшку, национального вождя, одетого в мужицкую сермягу. За поражением восстания последовал третий раздел Польши. Этим не кончились военные и политические потрясения. Лелевелю было двадцать лет, когда в 1806 году на польские земли вступила «великая армия» Наполеона. Вся польская молодежь взялась тогда за оружие с мыслью воскресить родину под водительством императора французов. Два брата Иоахима служили в армии Варшавского княжества, он сам, однако, пошел иной, им самим избранной дорогой.
Его собственные позднейшие воспоминания о детстве, как и рассказы братьев, рисуют нам маленького Иоахима трудным, упрямым, замкнутым в себе ребенком. Его наказывали часто именно потому, что он не хотел себя вести, выражаться, учиться и играть так, как все другие дети. Он создавал себе свой собственный мир, отгораживаясь книжками от окружавшего его мира.
Его родители после падения Польши переселились в деревню, поэтому основы образования он получил дома. Собственно говоря, он уже тогда учился сам, а скорее накоплял знания, при этом сразу же с мыслью о собственном творчестве. Когда ему было десять лет, он взялся сам дополнять энциклопедию. На тринадцатом году жизни он составил на основании нескольких хроник описание осады Пскова Стефаном Баторием в 1581–1582 годах. Пятнадцати лет он планировал написать историю Польши с обстоятельным описанием каждого воеводства. Уже тогда его увлекала география. Ежедневно до поздней ночи, напрягая зрение, он перерисовывал разные карты, какие ему попадали в руки, как современные, так и старые. Железной волей он понуждал себя к труду, его движущей силой была не только жажда знаний, но и огромное честолюбие. В 1801 году он поступил в школу пияров, одну из наилучших в Варшаве, располагавшую к тому же богатой научной библиотекой. Учеником он был, по его собственным словам, посредственным, он блеснул лишь на выпускном экзамене. Уже в это время он сам определил цель своей жизни — путь ученого.
В 1804 году он записался в Виленский университет, только что реорганизованный под покровительством Александра I. Царь в первые годы своего правления заботился о развитии науки, кроме того, он хотел привлечь к себе своих польских подданных. Личный друг царя польский магнат князь Адам Чарторыский был назначен попечителем Виленского учебного округа, охватывающего присоединенные к России восточные земли прежней Речи Посполитой. На этой территории развивалась теперь польская школа в соответствии с наилучшими образцами, разработанными в духе эпохи Просвещения Эдукационной комиссией. Эти школы должны были служить прежде всего высшим, полонизированным слоям этих земель — состоятельной и мелкой шляхте, а также мещанству. Пробуждение национального самосознания населявшего эти земли крестьянства — литовского, белорусского и украинского — было еще делом будущего.
Ректором Виленского университета был назначен Ян Снядецкий, знаменитый математик, проникнутый идеологией Просвещения, то есть рационализмом и антиклерикализмом, к тому же хороший организатор и человек независимых взглядов. Но гуманитарные науки Снядецкий не жаловал, а об истории был того мнения, «что это предмет, требующий только памяти и здравого смысла», уместный в средней школе, но не в университете. Поэтому его отнюдь не заботило замещение кафедры истории, когда старый профессор Гуссажевский вышел на пенсию.
Восемнадцатилетний Лелевель был принят в университет как степендиат, обязанный по окончании отслужить шесть лет учителем в Виленском учебном округе. Он сам составил себе учебный план, записавшись на лекции языков, литературы, права, а также геометрии, физики и рисования. Вскоре он сосредоточился на филологии и нашел себе учителя. Им был профессор Эрнест Гродек. Это был полонизированный немец, большой эрудит и еще больший чудак. На его лекции ходило всего несколько слушателей, и среди них Лелевель. Между профессором и студентом сложились отношения, подобные отношению отца к сыну. От Гродка Лелевель перенял любовь к античным авторам, а затем к скандинавским и древнерусским, у которых он искал сведений о далеком прошлом.
Работая много и всегда самостоятельно, Лелевель оказался, однако, более или менее «нормальным» студентом. Он завел многочисленные знакомства — посещал салоны, охотно танцевал, сочинял стихи. Он был одним из организаторов студенческого Общества совершенствующейся молодежи, в которое входил узкий круг наиболее способных студентов. Общество ставило своей целью самоусовершенствование, формально оно считалось тайным, хотя университетские власти знали о нем и не возражали против его существования. Здесь Лелевель выступал с рефератами, при этом не только на исторические темы. В одном из них он утверждал, что охрана памятников старины должна служить национальным целям. «Наша родина лежит в могиле, мы… должны трудиться над тем, чтобы сбросить наваленный над нею холм и извлечь лежащий под ним пепел Феникса — нашего отечества». Эти слова звучат как дань растущим повсеместно патриотическим настроениям, ибо в то время Лелевель посвящал больше внимания делам учебы и науки, чем политики.
В 1807 году, в год Тильзитского мира, Лелевель издал в Вильне свою первую книжку — «Эдда, или Книга религии древних жителей Скандинавии». Это была компиляция, не имеющая существенной ценности, а книготорговец, который издал ее в 300 экземплярах, отдал весь тираж молодому автору, рекомендуя ему подготовить популярную историю Польши.
