Недовольная действиями Апраксина императрица отдала ему строгий приказ продолжать поход, но главнокомандующий отвечал о невозможности это делать. Апраксина потребовали в Петербург, где отдали под суд, но вскоре он скончался от удара.
Новым главнокомандующим был назначен генерал-аншеф Фермор. План его предусматривал движение к Бранденбургу и в дальнейшем соединение с австрийскими и шведскими войсками.
В августе 1758 года русские войска осадили Кюстрин, подвергая город интенсивной бомбардировке. Когда от города уже почти ничего не осталось, стало известно, что к нему на помощь из Богемии двигается с войском Фридрих II. Это вынудило Фермора снять осаду Кюстрина и поспешить навстречу прусским войскам.
В сражении при Цорндорфе обе стороны приписывали себе победу. В сражении русские потеряли более двадцати тысяч человек убитыми, более ста пушек и тридцать знамён. Пруссаки потеряли двенадцать тысяч и двадцать пушек.
Недовольная действиями Фермора Елизавета заменила его новым главнокомандующим — П.С. Салтыковым, также до того не проявившим никаких талантов.
В июле 1759 года русские войска соединились с австрийским отрядом генерала Лаудона. Затем они вошли в Польшу и вскоре дошли до Франкфурта-на-Одере. Желая не допустить их соединения с главными австрийскими силами, Фридрих II решился на сражение у деревни Кунерсдорф.
В сражении при Кунерсдорфе прусские войска потеряли 7,5 тысяч убитыми и 4.5 тысячи пленными. Было захвачено 25 знамён и 172 пушки. Русские войска потеряли 2,5 тысячи убитыми и 10,5 тысяч ранеными.
Однако после этой победы Салтыков не предпринял ничего решительного, поскольку считал, что австрийцы хотят, чтобы дрались одни русские. В 1760 году он отвёл войска в Польшу на зимние квартиры, а сам 12 сентября подал в отставку, передав командование Фермору.
Из Петербурга пришёл приказ выслать отряд для взятия Берлина. Одновременно русские войска высадились вместе со шведами в Померании, но, получив известие, что сюда двигается прусское войско, сели на суда и уплыли.
22 сентября отряды Тотлебена и Чернышёва подошли к Берлину, охранявшемуся гарнизоном из трёх батальонов. У Берлина русским войскам было оказано ожесточённое сопротивление, что вынудило Тотлебена отступить. Тем временем в город вошло ещё девять батальонов прусской пехоты. Всё говорило, что битва за Берлин будет кровавой.
Однако вскоре к городу подошло 18-тысячное австрийское войско, и таким образом город оказался в окружении 40-тысячной союзной армии. В ночь с 8 па 9 октября было принято решение сдать город. Заняв Берлин, русское командование отдало приказ о взрыве всех пороховых заводов и разрушении литейного двора. Был опустошён арсенал, из которого было взято большое количество оружия.
Узнав о приближении к Берлину Фридриха II с войсками, союзные войска 12 октября оставили город.
Новый главнокомандующий русскими войсками генерал Бутурлин избрал главным театром войны побережье, куда он отправил 27 тысяч человек под командованием П.А. Румянцева. Сам же он с остальными войсками двинулся в Познань. Проведя там некоторое время, он пошёл на соединение с Лаудоном в Силезию, однако находившийся в Бреславле Фридрих II не допустил их соединения.
Бутурлин подошёл к Бреславлю, но не стал его осаждать, а соединившись с Лаудоном, пошёл к Швейдницу, в который отступил Фридрих II. Швейдниц был превращён пруссаками в укреплённый военный лагерь, взять который было нелегко. Проведя двадцать дней у Швейдница, Бутурлин оставил около него 20-тысячный отряд Чернышёва, а сам отошёл в Польшу. Фридрих II желал заставить Лаудона вступить в сражение, однако тот всячески избегал этого. Наконец, не имея достаточного количества продовольствия, прусская армия отошла к Нейсу. А Лаудон и Чернышёв, воспользовавшись балом, даваемым комендантом, с помощью ночного нападения овладели городом.
Основные боевые действия разворачивались в Померании, уже дважды в ходе всей войны русские войска пытались овладеть крепостью Кольберг, но всегда терпели неудачу.
С моря против Кольберга действовал русско-шведский флот, с суши — войска Румянцева.
Кольберг был укреплён батареями и рядом окопов и прикрыт речкой и болотом. Город снабжал войска принца Вюртембергского всем необходимым и мог и в дальнейшем выдерживать длительную осаду. По русскому тылу непрерывно наносились удары конным отрядом Платена.
