Итак, два крупнейших журнала России начали печатать работы молодого автора. Казалось, что перед А. Н. Афанасьевым — талантливым молодым исследователем — будет открыта широкая дорога научной деятельности. Но судьба его оказалась такой же, как и многих талантливых людей царской России. Сложности возникли сразу после окончания университета. Это был 1848 год. Царское правительство, напуганное французской революцией, усилило репрессии. "Положение наше, — писал Грановский А. И. Герцену в 1850 году, — становится нестерпимее день ото дня. Всякое движение на Западе отзывается у нас стеснительной мерой. Доносы идут тысячами... Университеты предполагалось закрыть... Дворянский институт закрыт, многим заведениям грозит та же участь, например, лицею. Деспотизм громко говорит, что он не может ужиться с просвещением"[5].

В сентябре 1848 года в Москву приехал министр народного просвещения граф Уваров осматривать университет. Он слушал лекции профессоров и после каждой лекции, вспоминал Афанасьев, "входил в рассуждения с профессором об ее предмете в частности и о предмете всей науки вообще, о современном ее состоянии и главных деятелях и, наконец, о духе, в каком она должна быть преподаваема". Министр слушал также самых способных студентов и кандидатов (лиц, окончивших университет): они должны были выступить перед ним с сообщениями на избранные ими темы.

Прочитал лекцию и кандидат А. Н. Афанасьев на тему "Краткий очерк общественной жизни русских в три последних столетия допетровского периода". Судя по записи в дневнике Афанасьева, это были размышления о роли самодержания в установлении и развитии крепостного права. Впоследствии он вспоминал: "Лекция эта вызвала несколько замечаний со стороны министра, о которыми, однако, я не догадался сейчас же согласиться. Шевырев с братиею нашли в ней то, чего в ней не было и быть не могло. Весьма благодарен, что печатно отозвался он о моей лекции с равнодушным хладнокровием, а в непечатных отзывах, по слухам, куда недоставало этого хладнокровия".

М. П. Погодин в редактируемом им "Москвитянине" писал о лекции Александра Николаевича: "Афанасьев явился полным представителем нотах, как говорят, воззрений на русскую историю. "Москвитянин" имеет мнение о ней почти противоположное, известное читателям, а поэтому удерживается говорить о чтении, как судья, может быть, пристрастный". Эти ионии воззрения принадлежали историкам К. Д. Кавелину и С. М. Соловьеву.

Год и два месяца после чтения лекции А. Н. Афанасьев не мог устроиться на службу, испытывая большие материальные трудности. В это время большое участие и его судьбе принимал К. Д. Кавелин, который ужо работал в Петербурге. "Расскажите всю подноготную ваших финансовых дел, — писал он Афанасьеву, — может быть, вместе что-нибудь выдумаем. Не теряйте, главное, присутствия духа и не хандрите. Это величайшая беда. Вы имеете знания; ваши работы положительно хороши... Будьте же откровенны, пишите все, ваша участь меня сильно занимает и лежит близко к сердцу". Однако направленность интересов молодого ученого была ему чужда.

К. Д. Кавелин настоятельно советовал А. Н. Афанасьеву заняться послепетровской эпохой. "Теперь первейшая необходимость настоит иметь сочинение о новом русском законодательстве со времени Петра... Нужно над этим работать; надо вывести итог Петровской эпохи. Это — требование времени", — писал он. Кавелин не видел актуальности в стремлении Афанасьева изучать корни народного миросозерцания, а следовательно, и путей национального, народного самосознания. Интересы своего молодого подопечного он назвал "археологией", путем "в болото" и "к усыплению".

Однако к этому времени Афанасьев уже избрал свой путь, он сознательно и целенаправленно работал в области мифологии и изучения фольклора.

В 1849 году А. Н. Афанасьев был, наконец, принят на службу в Главный московский архив министерства иностранных дел. Через шесть лет он был назначен начальником отделения, а вскоре и правителем дел состоящей при архиве комиссии печатания государственных грамот и договоров.

Служба в архиве давала А. Н. Афанасьеву возможность заниматься любимым делом — исследованием истории, права, литературы, народной поэзии, изданием произведений фольклора. Именно в этот период (с 1849 по 1862 г.) А. Н. Афанасьев написал и опубликовал большую часть своих исследований, составил и напечатал сборники "Народные русские сказки", "Народные русские легенды", "Русские заветные сказки" и некоторые другие[6].

В это время А. Н. Афанасьев печатался в большом количестве журналов: "Современник", "Отечественные записки", "Временник Общества истории и древностей российских", "Архив историко-юридических сведений, относящихся до РОССИИ", изд. Калачева; альманах "Комета", "Известия Академии наук по Отделению русского языка и словесности", "Русский вестник", "Атеней", "Русская речь", "Чтения Общества истории и древностей российских", "Библиографические записки", а также в газетах "Московские ведомости" и "Санкт-Петербургские ведомости".