Молиться надо духом и истиною — много раз повторяет это отец Иоанн.
«Молитва да будет добровольным, свободным приношением Господу, а не неохотным и принужденным… Молясь, нужно так веровать в силу слов молитвы, чтобы не отделять самих слов от самого дела, выраженного ими… как у Господа слово и дело нераздельны…» «А поскольку мы маловерны, — пишет отец Иоанн, — оттого и бессильны и бесплодны наши молитвы».
Отец Иоанн сам составил несколько молитв Господу и записывает в дневнике: «Чтобы избавиться мне от этого страшного искушения, я сам составил молитву Господу моему, чтобы Он даровал мне благодать… молился ею каждый день и не перестаю молиться: и Он внял моей молитве».
Отец Иоанн делится своим опытом молитвы: «Молясь, я верую твердо, что 1) Бог есть един Сый и потому везде Сый… и следовательно, одесную меня, 2) что я образ Его… 3) что Он — бездна благости… и 4) что Он Сам уполномочил меня молиться Ему».
«Говорят: мы скоро устаем молиться. Отчего? Оттого, что не представляете пред собою живо Господа… а смотрите на Него непрестанно сердечными очами, и тогда и ночь целую простоите на молитве — и не устанете. Что я говорю: ночь? — Три дня и три ночи простоите — и не устанете».
Отец Иоанн неоднократно благодарит Божию Матерь за помощь по молитве к Ней: «Дивна Ты, Преблагосердая Владычице, в милостях Своих. Се, я ношу образок иконы Твоей Тихвинской на груди своей… и премудрость Божия льется, как река, с языка моего… Владычице и Госпоже моей Пресвятой Богородице восписую благодарственная я, многогрешный: сегодня два раза по молитве моей избавила Она сердце мог… Возвел я два раза к Ней очи сердца… и избавила Она меня от сомнения моего…»
Отец Иоанн записывает свои размышления о Святых Дарах и причащении: «Приступающие к таинствам покаяния и причащения должны помнить, что тут — тайна Божия, и не должны любопытствовать и совопросничать внутренно, тем менее — сомневаться…» Необходима сердечная вера, что «« самомалейшей частице Святых Христовых Тайн — весь Христос».
«Бога и душу свою, как образ Божий, равно и душу брата, как образ Всетворца Бога, ставь безмерно выше всего. Поступая так, угодишь Сотворившему тебя и будешь на земле влажен», — записывает отец Иоанн свои мысли о человеческой душе. Много размышляет он и о любви к ближнему, об отношении к скорбям, о вере христианской и значении Церкви: «Слово Господа так твердо и неизменно, что им держится весь мир — видимый и невидимый — мир Ангельский и человеческий. Потому и слово Евангелия так твердо… Все, что сказал Господь в Евангелии, так истинно и так твердо, что небо и земля скорее могут прейти и исчезнуть, чем слова Господни, сказанные в Евангелии… Богослужение Православной Церкви, таинства и все молитвы — путь жизни духовной, которым прошли и спаслись святые Божии и которые [то есть Богослужение, таинства…] и теперь оказываются путем жизни для всех верных… Слава вере христианской — православной! Истинный плод ее всегда был и есть единение верующих между собой через любовь и общение благ духовных и вещественных… Истинное христианство и на земле водворяет благополучие, потому что оно смотрит на христиан как на одно великое тело…»
Отец Иоанн пишет о необходимости блюсти чистоту веры, его волнует раскол в христианской Церкви: «Церковь —и это как бы зеленеющее дерево с листьями и плодами: а раскол — это сухая ветвь, отломившаяся от дерева…»
В дневниковой тетради много заготовок для проповеди, советов, обращенных к священнику, много ссылок на собственный опыт: «Когда готовишь проповедь, имей высокое уважение к ней, как к Господню живому семени… чем проще и сердечнее, тем она лучше… помни, что с тобою Господь и Он устами твоими говорит».
Мы встречаем на страницах дневника отца Иоанна оценку состояния современной ему науки наряду с размышлениями о мироздании:
«Идолам покланяются естествоведы, которые в природе не хотят видеть Бога, а одни неразумные силы, придавая им имя природы… Прогресс, ныне существующий, есть прогресс плотского, ветхого человека, прогресс плоти, не духа… Един Бог есть Сый: Он весь на всяком месте так, что Его присутствия не вытесняет ни один малейший атом вещества, но всякий атом вещества Он наполняет — почему и говорится об Нем, что Он везде есть и все наполняет, то есть всякое вещество — великое и малое».
