Не меньшее внимание уделялось защите информации: секретные распоряжения чаще всего отдавались в устной форме, прибегали и к шифрованной переписке. В личной переписке с послами и подьячими Приказа тайных дел государь использовал систему специальных знаков.
Доступ к секретной информации строго регламентировался: направленный царем секретный документ мог прочитать только тот, кому он предназначался. Прочитав бумагу, адресат запечатывал ее особым способом и возвращал подьячему Приказа тайных дел в соответствии с царским указанием: «Прочетчи, пришли назад с тем же, запечатав сей лист».
О выполнении распоряжения сотрудники приказа немедленно докладывали государю, причем писать о сути распоряжения категорически запрещалось. Применялась стандартная форма письменного доклада: «Что по твоему, великого государя, указу задано мне, холопу твоему, учинить, и то, государь, учинено ж».
С февраля 1665 года царь приказал Разрядному приказу ежедневно направлять в Приказ тайных дел сведения о положении дел в полках.
Приказом тайных дел в разное время руководили Ф. М. Ртищев и четыре дьяка незнатного происхождения: Томила Перфильев, Дементий Башмаков, Федор Михайлов и Данила Полянский. Все они состояли «в государевом имени» — имели право принимать самостоятельные решения и подписывать царские указы за государя.
Подьячие Приказа тайных дел нередко имели указание выдавать себя за сотрудников других приказов. Это способствовало поддержанию принципов конспиративности при выполнении конфиденциальных дел. Так, в декабре 1665 года для встречи патриархов были посланы на Терек подьячие И. Ветошкин и Е. Полянский. Им было указано «ехати <…> с Москвы на Саратов, на Царицын, на Черной Яр, на Астрахань и на Терек, а едучи дорогою, проведывати всякими людьми тайно про Паисея папу, и патриарха Александрейского, и про Макария, патриарха Антиохийского, где они ныне и которыми месты к Москве едут, а дорогою едучи, сказыватца им дворцовыми подьячими, что посланы они из дворца для садового заводу, чтоб было не прилично».
Первые подьячие в Тайный приказ набирались из других приказов: Большого дворца, Стрелецкого, Разрядного и Посольского. Количество служащих постоянно увеличивалось. Вначале было шесть человек, в 1659 году — девять, в 1669-м — двенадцать, в 1673-м — пятнадцать. Отбор кандидатов скрытно производился из наиболее способных, проверенных и грамотных людей. Будучи призванными к несению новой службы, они проходили обучение в закрытой школе, созданной при Заиконоспасском монастыре в 1665 году.
Каждый из дьяков и подьячих Тайного приказа ведал только теми делами, которые были поручены государем лично ему, полагалось также докладывать наверх о деятельности сотоварищей из других приказов.
К исполнению некоторых поручений по линии Тайного приказа привлекались стольники из числа состоящих при государе (например, Иван Дашков и Алексей Салтыков), стрелецкие командиры — головы и полуголовы (например, Артамон Матвеев), а также особо доверенные стрельцы Стремянного полка.
Таким образом, существовало четкое разделение направлений легальной и особенно нелегальной деятельности руководителей приказов. Функцию высшего контролера исполнял сам государь. Здесь четко вырисовывается старый как мир принцип «разделяй и властвуй». Доверяя важнейшие секреты государства особо приближенным лицам, правитель старался обезопасить себя от малейшей возможности измены.
Разведкой занимались и иностранцы, находившиеся на государевой службе, — как правило, они вели разведывательную деятельность за рубежом в пользу русского царя. Им было намного легче легализоваться на местах, не вызывая излишних подозрений, нелегально проникать в те или иные социальные и политические круги, организуя вокруг себя более или менее разветвленные агентурные сети. Контрразведывательный надзор за иностранными офицерами, служившими в русском войске, осуществляли сотрудники Иноземского и Рейтарского приказов.
