Стратегические задачи разведки при Алексее Михайловиче разрешались в основном по линии Посольского приказа. Легальными резидентами (по современной терминологии) являлись русские послы, которые опирались на ряд подьячих посольства и завербованных иностранных подданных. Основное направление разведки той поры — оценка внутриполитической ситуации, военной мощи и намерений государств, которые рассматривались как потенциальные или явные противники или возможные союзники.

В ряде случаев в состав русских посольств включались подьячие Приказа тайных дел или особо доверенные лица из ближайшего окружения государя, выполнявшие свои нелегальные задания независимо от представителей Посольского приказа. Посольства того времени носили временный характер и фактически являлись дипломатическими миссиями, направляемыми государем с конкретными поручениями. Поэтому нелегальным представителям Приказа тайных дел необходимо было в сжатые сроки создать, укрепить и расширить нелегальные резидентуры, оставив за рубежом надежных сотрудников и агентов, а от уже включенных в «секретную государеву игру» людей получить ценную информацию.

Резюмирем: в секретных службах Алексея Михайловича успешно развивались посольская, политическая, военная, пограничная разведка, а также военная, внешняя и внутренняя контрразведка. Любой «слуга государев» в случае необходимости мог стать (и по первому слову государя становился) секретным сотрудником, тайным порученцем, а то и резидентом — в зависимости от пожеланий патрона, своих возможностей и сложившихся обстоятельств. Принцип тотальности, использовавшийся при дворе, позволял царю эффективно проводить в жизнь свою «тихую» и тайную политику.

В начале XVIII века в русском языке для обозначения человека, занимающегося нелегальной разведкой, впервые появилось слово «шпион». Как и у древних китайцев, в Петровскую эпоху оно не несло идеологической нагрузки: им в равной степени обозначали и своих, и чужих.

Основным центром сбора информации стратегического характера продолжал оставаться Посольский приказ, осуществлявший дипломатические функции и разнообразные функции внешней разведки. Направленный в 1702 году послом в Турцию стольник П. А. Толстой одновременно был и руководителем российской нелегальной разведки в этой стране. В его обязанности входили сбор политической и военной информации, а также создание нелегальных резидентур и агентуры влияния в среде турецкой знати. Последнее позволяло снизить вероятность военного противостояния России и Турции, избежать широкомасштабной войны на два фронта. Денег на это не жалели, из России прямо указывали: «Дабы Порту до зачинания войны не допустить (також бы и татарам позволения на то не давали), не жалея никаких иждивений, хотя бы превеликие оные были». В своей работе П. А. Толстой опирался на созданную им самим и его помощниками местную агентуру и использовал агентурные возможности православной (Константинопольской) церкви. После ареста в 1710 году он умудрялся отправлять нелегальные донесения в Россию даже из турецкой тюрьмы!

При исполнении как явных, так и тайных обязанностей Толстой столкнулся с проблемой, являющейся кошмарным сном для руководителя любой службы, — предательством подчиненных. Нередко ему приходилось заниматься контрразведкой, а также выполнять некоторые весьма специфические поручения, а то и действовать по собственному почину, если того требовали обстоятельства. В письме к канцлеру Гавриилу Головкину он это описывает так: «Нахожусь в большом страхе от своих дворовых людей: живу здесь три года, они познакомились с турками, выучились и языку турецкому, и так как теперь находимся в большом утеснении, то боюсь, что, не терпя заключения, поколеблются в вере, если явится какой-нибудь Иуда — великие наделает пакости, потому что люди мои присмотрелись, с кем я из христиан близок и кто великому государю служит <…> и если хотя один сделается ренегатом и скажет туркам, кто великому государю работает, то не только наши приятели пострадают, но и всем христианам будет беда. <…>

У меня уже было такое дело: молодой подьячий Тимофей, познакомившись с турками, вздумал обусурманиться. Бог мне помог об этом сведать. Я призвал его тайно и начал ему говорить, а он мне прямо объявил, что хочет обусурманиться; я его запер в своей спальне до ночи, а ночью он выпил рюмку вина и скоро умер — так Бог сохранил от беды.»

Успехи спецслужб во многом были обусловлены тем, что при реформировании государственного аппарата Петр сохранил преемственность внешнеполитического ведомства (Посольский приказ был преобразован в Коллегию иностранных дел) и преемственность кадров в области дипломатии и разведки. Например, в 1699 году послом России в Голландии был назначен А. А. Матвеев, сын погибшего в 1682 году «посольских дел оберегателя» Артамона Матвеева. За заслуги перед Отечеством Андрей Матвеев был удостоен графского титула.

Известный советский разведчик-нелегал В. Гражуль, оперативник Особой группы Якова Серебрянского и один из руководителей Школы особого назначения, так охарактеризовал состояние разведывательной работы при Петре Великом: «Отличительной ее чертой являются широкие масштабы работы. Впервые в истории русского государства разведка распространяет свое влияние не только на всю Европу, но и на Азию. <…>